判断肩胛骨肿瘤的良恶性，最准确的方法是组织病理检查，是临床上判断肿瘤良恶性的金标准。同时，也可以结合肿瘤的影像学表现，以及患者的临床表现，判断良恶性的概率大小，但通常作为辅助手段，不能确认判断结果一定准确。
1、组织病理检查：组织病理检查是鉴别肿瘤良恶性的金标准，通常进行局部组织病灶的活检，在做手术过程中，直接取一部分组织进行病理检查，但是在取组织的过程中，可能存在对肿瘤的刺激，也可以在CT或B超的定位下进行经皮穿刺取病理活检。如果活检发现细胞形态与正常组织相同，则提示为良性肿瘤，如果发现细胞分化严重、细胞核分裂明显，则常提示为恶性肿瘤；
2、影像学表现：如果在影像学表现上发现肿瘤界限模糊、具有侵袭性、有骨质破坏，常提示恶性肿瘤的概率较大。如果在影像学表现上肿瘤的边界相对较清楚、光滑、与周围组织的界限明确，通常提示良性肿瘤的概率较大；
3、临床表现：如果患者起病较急，有肿胀和骨痛的表现，在查体时摸到肿块质地较硬，同时伴有全身的恶病质表现，如变瘦、体重变轻等，通常恶性肿瘤的可能性较大。但如果摸到质地相对较软，生长速度相对较慢，短时间内没有太多性状的变化，同时没有全身的变化，则良性肿瘤的可能性较大。
通常肩胛骨肿瘤需要手术治疗，一般良性肿瘤生长缓慢，对周边组织影响较小，通过手术切除后，基本可以治愈。较为严重的恶性肿瘤，除进行肿瘤切除手术外，有时还需要进行化疗、放疗等辅助治疗。