市面上购买的胶原蛋白肽通常是符合国家安全标准的，因此一般情况下，长期适量喝胶原蛋白肽，并没有特殊危害。若长期大量喝胶原蛋白肽，或对于部分特殊人群而言，则可能有一定的危害，如加重胃肠道负担、过敏等。
1、加重胃肠道负担：胶原蛋白肽的主要成分为胶原蛋白，长期大量喝可导致胶原蛋白摄入过多，增加胃肠道负担，进而较易引发腹胀、腹部疼痛、恶心、呕吐等不适症状；
2、过敏：若自身对胶原蛋白肽或其中的某一种成分存在过敏，长期喝胶原蛋白肽可诱发或加重过敏症状，导致患者出现皮疹、发热、喉头水肿，甚至是呼吸困难等症状。
部分人认为长期大量喝胶原蛋白肽会导致肥胖，但事实上胶原蛋白肽中脂肪含量较低，蛋白质含量丰富，即使大量喝也通常不会达到引发肥胖的程度。此外，建议购买正规厂家生产的胶原蛋白肽，在专业的药师或医生的指导下正确服用，以免不利于身体健康。