酵素果冻没有明确的食用时间规定，在饭前吃和饭后吃都可以，不同时间段吃有不同的好处。该食物属于保健食品，里面含有多种活性酶，能平衡肠道菌群、增强吸收。
酵素果冻中的主要成分一般为酵素，该物质是一种具有催化作用的活性大分子，大多为植物经多种有益菌发酵而来，富含蛋白酶、脂肪酶、超氧化物歧化酶等生物酶类和维生素、矿物质等营养成分。适当食用有助于促进消化道对食物的消化吸收，进而对身体有利。
这种保健食品的食用时间一般没有明确规定，可根据自身意愿选择在饭前吃或饭后吃。其中饭前吃的好处为食物可以直接与胃肠黏膜接触，更有利于物质吸收。饭后吃的好处为酵素果冻在进入消化道后可以帮助促进胃肠蠕动，进而有利于身体对食物的消化和吸收。
但在食用时应注意适量，避免一次进食太多，以免胃肠消化负担过重，同时应忌辛辣刺激性食物。酵素果冻因为属于保健食品，所以不能用于治疗胃肠道疾病，存在胃肠道疾病的患者建议及时到医院就诊，在医生指导下用药。