黄金鲅鱼的鱼肝能少量吃，通常不建议长期大量吃。适当食用，其并不会对机体健康造成明显损伤，还可以为机体提供营养物质，但是若是过量吃，则可能会对机体健康造成不良影响。
黄金鲅鱼的鱼肝中含有一定的营养物质，如脂肪、蛋白质、微量元素等，适当食用可以为机体补充一定的营养物质以及能量，机体能将其中的营养物质正常代谢，并不会对机体健康造成明显损伤。而部分学者认为，鱼肝是鱼代谢废物的主要脏器，在代谢过程中，部分毒素可能会残留于鱼肝中，如组氨酸。如果长期过量吃黄金鲅鱼的鱼肝，可能会导致毒素或者其他有害物质残留于体内，容易引起恶心、呕吐、腹泻、腹痛等中毒反应，还可能引起头晕、头痛等不适症状，影响机体健康。
因此，通常建议在处理黄金鲅鱼时将鱼肝丢弃，以免长期食用而影响身体健康。但如果仅是偶尔、少量进食黄金鲅鱼的鱼肝，其含量较少，机体通常可以将有害物质通过机体的正常代谢排出体外，并不会对机体健康造成威胁。如果想要补充营养物质，建议适当吃其他健康、营养的食物，并保持营养均衡，如牛肉、羊肉、鸡蛋等富含蛋白质的食物，草莓、火龙果、苹果、生菜、菠菜等富含维生素及膳食纤维等营养成分的水果和蔬菜。