恩替卡韦是治疗慢性乙肝常用的抗病毒药物，副作用比较轻微，常见副作用有头晕、疲乏、眩晕、恶心，以及谷丙转氨酶升高、腹痛、腹部不适、肝区不适、肌痛、失眠和风疹等。另外，乳酸性酸中毒和重度的脂肪性肝肿大是恩替卡韦较为严重且少见的副作用，可能会导致患者死亡。
恩替卡韦治疗肝病产生副作用，患者一般可以耐受。在应用恩替卡韦的过程中不能随意的停药，对于没有达到停药标准的患者，如果停药病情有可能会加重，严重者甚至会发生肝衰竭。有停药的指征的患者，已经停药后也要注意遵医嘱随访。
对于恩替卡韦制剂中的任何成分过敏的患者应禁用该药物，妊娠期和哺乳期的妇女慎用，肾功能不全的患者如果需要使用恩替卡韦需要事先咨询医生意见并严格遵守。患者应用恩替卡韦过程当中可能发生耐药，一般每3-6个月需要检测一次。如果患者发生耐药，要根据病情以及患者耐药情况调整用药。