益生菌和灵芝孢子粉在临床上并没有配伍禁忌，通常可以一起吃，患者在用药前一定要咨询医生，并谨遵医嘱使用，避免用药不当引发不良反应。
益生菌是以适当剂量给予对宿主健康有益的活的菌株，常见的益生菌主要有乳酸菌、双歧杆菌、嗜热链球菌和酵母等。其药物制剂可分为丸剂、粉剂和滴剂等，属于西药，可以调节肠道菌群，改善胃肠消化吸收功能，也可预防和治疗由病毒、沙门菌、志贺菌感染引起的腹泻及霍乱，还可以促进消化性溃疡的愈合。灵芝孢子粉主要成分是破壁灵芝孢子，属于保健食品，具有健脾益气、养心安神的功效，适用于心脾两虚、病后体弱、肿瘤患者，可辅助改善不适症状。
虽然这两种并没有配伍禁忌，但如果是本身肠胃不好的患者，还是建议尽量间隔1-2小时，这样可以减少对肠道的刺激。而且因为每个人的体质不同，用药后的耐药性不同，所以肠胃不好的患者间隔使用也有利于药物吸收，促进身体恢复。
使用药物期间患者还应注意观察自身病情变化情况，若用药后出现了不适反应，或是一段时间后症状没有明显改善，应及时就医检查，在医生指导下停药或调整治疗方案。