通过食物补充的色氨酸在体内通常会转化为其他非必需氨基酸，正常通过食物摄入色氨酸一般不会带来明显的副作用，但在使用色氨酸药物不当，导致色氨酸含量过高时，过量的色氨基酸会促进大量神经细胞分泌血清素，导致高血清素综合征，可能引起精神与行为异常、运动系统异常与自主神经系统异常等副作用。
1、精神与行为异常：色氨酸可促进血清素的分泌，过量的血清素可以影响大脑的正常运行，出现疲倦或兴奋、轻躁狂或迟钝等症状；
2、运动系统异常：血清素是一种神经递质，可以导致肌肉收缩，过高的血清素可导致肌阵挛、震颤、肌腱反射亢进、紧张等运动系统异常症状，可导致机体运动能力下降；
3、自主神经系统：色氨酸过量摄入导致血清素分泌过多，血清素可造成自主神经系统的异常兴奋，出现发热、寒战、出汗等全身症状，还可引起胃肠道自主神经紊乱，出现腹痛、腹泻等症状。
色氨酸的副作用一般都是由药物所带来，当出现上述不良症状，应及时遵医嘱停药，并向临床医生咨询减量或者停药处理。