柠檬表面的凸起可能是自然生长特征、病虫害痕迹或机械损伤所致，其中自然生长特征、轻微病虫害、机械损伤所致的情况下柠檬仍可食用，但是如果出现变质则不可以进食，需谨慎评估。
1、自然生长特征：某些品种的柠檬在生长过程中，表面可能形成自然的凸起或凹凸不平的纹理，这是品种特性之一，不影响食用安全，在此情况下，柠檬的果肉与风味通常不受影响，消费者可放心食用。
2、轻微病虫害：柠檬表面若因轻微病虫害而留下的小凸起或斑点，若未深入果肉且未伴随腐烂、霉变等严重症状，一般可通过削去受损部分后继续食用，然而，此类柠檬的食用价值可能略有降低，且需注意彻底清洁以避免潜在的健康风险。
3、机械损伤导致：柠檬在采摘、运输或储存过程中可能遭受机械损伤，如碰撞、挤压等，导致表面出现凸起或凹陷，此类损伤若仅限于表皮且未破坏果肉组织，通常不影响食用，但可能影响柠檬的外观和保存期限。
4、严重病虫害：若柠檬表面的凸起伴随有明显的腐烂、霉变、虫洞或渗出物等严重病虫害感染迹象，则表明柠檬已受到严重损害，不宜食用，此类柠檬可能含有大量有害微生物和毒素，对人体健康构成威胁。
5、化学污染：在极少数情况下，柠檬表面的凸起可能由化学污染或异物附着引起，此类情况下，即使凸起本身不直接威胁食用安全，但也可能影响柠檬的整体卫生状况，消费者应仔细检查并彻底清洁柠檬表面，必要时可选择丢弃以避免潜在风险。
食用柠檬时应注意适量，避免空腹直接食用以防胃酸过多，可切片泡茶或加入蜂蜜调和酸味，口腔溃疡及胃酸过多者慎食，清洁柠檬表面，避免农药残留。