舌根一侧疼咽口水都疼，可能由于咽喉部黏膜溃疡、舌咽神经痛、叶状乳头炎、咽喉炎等因素引起。需要到口腔科及耳鼻喉科检查，根据不同的病因进行对症治疗。
1、咽喉部黏膜溃疡：主要是由于不良刺激导致的黏膜溃疡，如烫伤、上火等，由于溃疡急性期，当吞咽时可刺激溃疡引起疼痛不适症状，可遵医嘱选择开喉剑喷雾剂、康复新液等药物治疗，帮助促进溃疡的恢复。
2、舌咽神经痛：其病因不明，可能为脱髓鞘引起舌咽神经与迷走神经之间发生"短路"的结果，也可能为颈静脉孔区、颅底、鼻咽部、扁桃体等部位的肿瘤侵犯引起。局部刺激而导致的阵发性剧烈疼痛，患者表现为刀割样、电击样疼痛，需遵医嘱选择药物治疗，常用药物包括苯妥英钠片、卡马西平片等。若药物治疗效果不佳，还可选用手术治疗，如微血管减压术、舌咽神经部分切断术等。
3、咽喉炎：叶状乳头呈皱褶状，位于舌后部的舌缘两侧，和咽喉部距离较近，当存在咽喉炎时也容易累及发炎，主要表现为舌头运动时局部疼痛，部分人可以存在局部灼痛。确诊后可遵医嘱应用头孢类抗生素，如注射用头孢他啶、注射用头孢哌酮钠舒巴坦钠等控制感染。
4、叶状乳头炎：主要是由于维生素缺乏、真菌感染、贫血等因素导致，由于炎症可以表现为口腔黏膜发红，并且伴有叶状乳头肿胀、疼痛等不适症状，吞咽时可刺激肿胀加剧疼痛。可在医生指导下用碘甘油涂在患处，还可使用中成药进行治疗，如口炎清颗粒、阿莫西林胶囊等。
除上述因素外，还可能与轮廓乳头炎、扁桃体炎等疾病有关。另外患者在炎症期间还应注意多喝水，避免吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、蒜等，以免炎症进一步加重。