鲸零低聚肽膳食果饮有可能会存在一定的副作用，但由于每个人的体质状态不同，使用的剂量多少不同，所以出现的副作用概率也可能会存在一定的差异。
鲸零低聚肽膳食果饮属于一种水溶性的膳食纤维素，在服用之后可以达到帮助胃肠道蠕动的效果，有助于肠道内的毒素和废物尽快排出，也可以达到一定改善便秘的效果。但是如果使用剂量比较多的情况下，就可能会对胃肠道产生一定的刺激，出现严重的腹泻症状，并伴有腹部疼痛和水样大便，严重者可能会出现脱水、电解质紊乱的情况。鲸零低聚肽膳食果饮在长时间服用的情况下，还可能会使自身肠道功能降低，容易导致胃肠道不能自行蠕动，在停止使用药物后，便秘的症状可能会更加严重。同时使用过多的情况下，还可能会造成消化不良、营养摄入不全面等问题。
应尽量避免长时间及大剂量使用鲸零低聚肽膳食果饮，避免出现不良反应，减少对身体健康造成的不良影响。同时在日常饮食上也注意均衡营养，避免高热量及高脂肪类食物的摄入。