正常使用南瓜籽油一般对机体没有副作用，但易过敏人群摄入可能出现过敏反应，过量食用也可能出现肥胖、消化不良的副作用。南瓜籽油是由芥花籽榨取而来，含有维生素C、B族维生素、不饱和脂肪酸等营养物质，可以用作食用油，还能够在一定程度上帮助增强胃肠道蠕动，进而起到促进消化、改善便秘等效果。
1、过敏反应：如果本身体质较为敏感，对南瓜或者南瓜籽过敏，食用南瓜籽油可能引起过敏反应，如过敏性皮炎、荨麻疹等，此时可能出现皮肤瘙痒、红肿、嘴唇麻木等症状。如果情况较为严重，还可能出现喉头水肿、过敏性休克等后果，甚至危及生命安全。可遵医嘱口服氯雷他定片进行治疗；
2、肥胖：南瓜籽油的能量较高，若烹制食物时经常加入大量的南瓜籽油，并且没有进行运动，可能转化为脂肪，形成脂肪堆积，出现肥胖；
3、消化不良：南瓜籽油含有大量的油脂，若大量吃南瓜籽油，可导致胃肠道的消化负担加重，进而引发消化不良，导致食用者出现腹胀、腹痛等不适症状。可遵医嘱应用健胃消食片、乳酸菌素片等药物治疗。