对于三代试管婴儿，约在女性孕中期时进行羊水穿刺，即进行二次筛查。因为植入前遗传学诊断无法筛查出胚胎形成以后的染色体异常，需进行复核筛选。
三代试管婴儿需进行植入前遗传学诊断或植入前遗传学检测，这种检查方式是对卵子和精子受精后形成的第3天或第5天的胚胎进行活检，取出里面的部分细胞进行遗传学相关检查，通过检查筛选出正常的胚胎进行移植。经过初次筛选的胚胎因为染色体的构成相对正常，在移植以后成功率可更高。但三代试管婴儿亦具有一定的假阳性和假阴性，在孕早期小胚胎发育过程中可出现不正常的胚胎，或胚胎在早期发生突变或变异，包括染色体的异常，由于是在胚胎形成以后发生，故在植入前无法进行判断和筛选，因此需要二次筛查。
怀孕四个多月可进行羊水穿刺，此时胚胎染色体相对稳定，进行相关复核可有效筛除染色体异常的情况。