深龋时进行保髓补牙，经过有经验的医生充分评估病情的情况下，能够保持较高的成功率。深龋指龋蚀已达牙本质深层接近牙髓，或者已影响牙髓，多数需要进行牙髓治疗争取保留牙齿。深龋在治疗过程中需要去除腐败、坏死的牙本质，但容易导致漏髓，一旦出现髓腔穿孔，需要在漏髓处尽量保留少许牙本质。
一般情况下深龋经保髓补牙治疗后，可逐渐诱导牙髓形成修复性牙本质。如果经保髓补牙治疗后，观察3-6个月牙齿未出现自发性疼痛，检测牙髓活力正常，保存牙齿成功的概率大约为70%-80%，成功率较高。但也有少数牙齿在保髓补牙过程中出现明显的自发性疼痛，即急性牙髓炎，此时需要进行杀灭牙神经的根管治疗。
如果深龋保髓补牙未成功或者不适合进行保髓补牙的人群，建议应用根管治疗将牙齿内坏死物质、牙神经充分去除，对根管进行消毒、预备充填后，再用牙科材料将牙齿恢复，以恢复牙齿正常的咀嚼功能，并且根管治疗能够避免反复感染，也可维持较长时间的效果。