智齿只剩下牙根时应尽早拔除。当智齿由于龋坏等原因导致只剩下局部残根，若不拔除，残根刺激局部牙龈，可进一步诱发智齿冠周炎等炎症，出现牙冠周围软组织肿胀疼痛、吞咽困难等，且智齿根部处于口腔中较为深在的位置，食物残渣易在此部位滞留，滋生细菌等病原微生物，加重局部牙龈炎症，增加口腔卫生维护难度。
智齿残根的存在会影响正常生活，尤其是老年人在进食后，经常发炎的智齿可能出现局部流血、胀痛等现象，并且智齿剩下牙根时，拔除视野不清楚，需在充分照明情况下，寻找牙根与牙槽骨之间的间隙，从而增长拔除时间且过程复杂，加大拔除难度，因此应尽早拔除，避免智齿残根进一步缩小而增加拔除难度。
智齿只剩下牙根拔除后局部会留有拔牙窝，一般在3个月左右长平，平整后不会出现邻牙食物嵌塞情况，但应尽量保持口腔卫生，养成早晚刷牙的好习惯，避免细菌滋生、感染引发炎症，导致牙周病、蛀牙等牙齿疾病，拔除智齿牙根后还需禁烟、禁酒，当天尽量食用流质、软质食物，以促进组织修复。