百令胶囊的副作用是个别患者会有咽部不适。百令胶囊主要成分由发酵冬虫夏草菌粉组成，如果是正常的遵医嘱服用百令胶囊，一般没有什么危害。但如果使用不当，可能会引发胃肠不适。
百令胶囊是补益肺肾类药物，属于滋补类，且性温，使用后伤及津液，可能导致津液亏虚，出现口干、咽干、咽痛等咽部不适症状。
百令胶囊属于中成药里的补益剂，主要成分由发酵冬虫夏草菌粉组成，功效为补肺肾、益精气的功效，用于治疗肺肾两虚、精气不足引起的一系列疾病。临床上多以咳嗽、气喘伴活动后加重，以及咯血、腰背酸痛、面目浮肿、夜尿清长等症状为主。正常的遵医嘱服用百令胶囊，一般没有什么危害。
百令胶囊的成分冬虫夏草的提取物，其性温，如果自行盲目大量使用，可能会耗损脾胃阴液，导致脾胃阴虚，出现以胃痛隐隐作痛、饥不欲食、呃逆及嗳气等胃肠道不适症状。
因此一定要在医生指导下使用药物，药物服用期间也应注意饮食清淡，忌烟忌酒，以利于疾病恢复。