结晶果糖代谢较葡萄糖更快，且不依赖胰岛素，较适用于补充能量或进行甜味调味。适量食用结晶果糖不会对机体产生危害，但如果过量食用或食用后未刷牙可能会导致口腔疾病、肥胖、血糖升高等危害。
1、口腔疾病：结晶果糖是一种糖类，所以在食用后如果未及时进行刷牙，使其在牙齿上残留，就导致细菌等微生物在牙齿表面黏附或聚集，容易诱发龋齿、牙结石等口腔疾病；
2、肥胖：虽然结晶果糖相较于其他糖类对胰岛素影响小，但仍具有一定的热量，如果过量食用且不注意运动消耗，可能会使机体摄入能量过多，转化为脂肪堆积在机体内，导致肥胖；
3、血糖升高：结晶果糖不需要通过胰岛素代谢，不会使血糖极速升高，但终究是糖类，过量食用还是会进入血液，造成血糖升高。所以不建议过多食用结晶果糖，尤其是糖尿病患者，避免诱发或加重相关症状。