小便时尿道刺痛有异味，初步考虑有可能是平时不注意个人卫生导致的，可以在排便后用温水清洗会阴部，多饮水，观察症状有无缓解。若长时间没有缓解，甚至伴其他不适症状，怀疑可能是疾病引起，临床上常见于尿路感染、前列腺炎等疾病，此时应及时就医查明原因，确诊后进行针对性治疗，避免病情加重。
1、尿路感染：如尿道炎，尿道炎主要是由于不良生活卫生、不洁性生活等因素导致淋球菌、非淋球菌感染引起。由于尿道内存在炎症感染，会对尿道黏膜造成损伤，还会使尿液当中存在一些脓性分泌物，进而使患者出现小便时尿道刺痛、有异味现象，还常伴有尿频、尿急等症状。对于淋菌性尿道炎，可遵医嘱选择头孢克肟片等抗生素进行抗感染治疗；对于非淋菌性尿道炎，可遵医嘱选择左氧氟沙星片、罗红霉素片等抗生素进行治疗；
2、前列腺炎：主要因频繁手淫、久坐、不注意生理卫生、饮食不规律等诱发前列腺感染造成。患者可有局部炎症反应，继而引起小便刺痛，伴有尿液异味，可能还会出现尿频、尿急、尿滴白、会阴部胀痛等症状，严重时会引起性功能障碍。在确诊以后，可遵医嘱使用前列舒通胶囊 、左氧氟沙星片等药物进行治疗，同时还需要配合进行一些物理治疗，比如温水坐浴、前列腺手法按摩等，有助于疾病恢复。
在治疗过程中，应加强日常护理，可多饮水促进排尿，反复冲刷尿路，同时禁止性生活，清淡饮食，注意生理卫生，勤换洗内裤，有利于身体康复。