生南瓜子仁通常能够直接吃，对身体的健康并没有危害性，但虽然可以直接食用，仍需控制食用量，不可一次性食入过多。
生南瓜子仁含有较丰富的蛋白质、脂肪、维生素E、维生素B1、维生素B2，以及磷、钾、钙等丰富的矿物质，对身体健康至关重要，能够提供人体所需的能量和营养物质。
生南瓜子仁中含有较丰富的不溶性膳食纤维，适当吃可以促进胃肠道蠕动，促进肠道内食物的消化与排出，可以在一定程度上帮助缓解便秘或者预防便秘。
生南瓜子仁还具有一定的药用价值，如杀虫、降血糖、保护胃黏膜和补锌等，其中氨酸是驱虫的有效成分，钴则能有效降低血糖浓度，果胶可以保护胃黏膜，锌则有助于促进生长发育。
尽管生南瓜子仁营养丰富，但过量食用可能会带来不良影响，由于南瓜子仁中的蛋白质、脂肪含量丰富，若一次性摄入过多，可能会增加胃肠道负担，导致恶心、腹胀、腹痛等消化不良症状，建议每人每天吃25克左右为宜。但需控制食用量，过量食用生南瓜子仁可能会增加胃肠道负担，导致消化不良，应适量食用，避免过量。
生南瓜子仁不宜与羊肉同食，因为羊肉属于热性食物，和南瓜子一起食用可能会导致胃肠不适，也不宜与咖啡同食，因为咖啡中的咖啡因可能会刺激胃肠道，不利于机体吸收营养物质。
在食用生南瓜子仁时，不建议过度调味，因为盐、辣椒、酱油等调味品中含有较多的钠，食用后不利于控制血压。