补牙洞时，清理通常为第一步，即去除腐质，清理局部的脏东西，疼不疼主要取决于龋齿牙洞的深浅和距离牙齿神经的远近。通常较浅龋齿和中龋，补牙清理时疼痛不明显，较深的龋齿补牙清理时，会有明显的疼痛。
1、较浅的龋齿：对于比较浅的龋齿，在去除窝洞内的腐质时，通常只到达牙本质的浅层，不会产生明显的疼痛感。在去腐过程中，可能会有轻微的敏感症状，没有明显的疼痛。对于更深中龋，侵犯到牙本质，去腐清理时离牙神经比较近，可能会产生酸痛、刺激等不适感，但一般不是明显的疼痛感，通常能够耐受；
2、较深的龋齿：对于较深的龋齿，龋坏已经侵犯到牙本质深层，甚至已经接近牙神经，在去腐清理时，一般会有明显的疼痛感。疼痛感能够较好地判断牙神经的活力，是否有牙髓穿通点。很严重的龋坏已经深及牙髓，引起牙神经炎症，此时通常在治疗前就有明显的疼痛，在补牙清理过程中，疼痛也会比较明显。所以，通常提前注射局麻药物来减轻疼痛，可以保证治疗的舒适感。
补牙后短时间内不能进食，以免咀嚼时造成填充物的变形。尽量不吃辛辣、刺激的食物，此时牙齿较为敏感，吃刺激性的食物会导致牙齿不适。也不要吃较硬的食物，太过坚硬的食物会对补牙的部位造成一定程度的磨损，影响补牙的效果和美观。