功能性饮料中富含葡萄糖、电解质以及矿物质，适当饮用通常具有一定调节机体功能、补充能量的功效。长期过量饮用可能会导致龋齿、肥胖、影响视力或睡眠，还可能引发营养不良、维生素紊乱、电解质紊乱，极端情况下甚至可能引起心脏早搏等危害。
1、龋齿：因为功能性饮料中含有糖分和其他酸性物质，长期大量饮用可能会侵蚀或软化牙釉质进而形成龋齿；
2、肥胖：功能性饮料中糖分较多，如果长期大量饮用，机体来不及消化，可能会转化成脂肪堆积在体内，进而增加肥胖几率；
3、影响视力或睡眠：功能性饮料中富含咖啡因，长期饮用可能会导致视神经肿胀，进而导致视力下降，影响视力。此外，也可能会刺激神经，使中枢神经处于兴奋状态，进而影响睡眠，甚至导致失眠；
4、营养不良：功能性饮料中含有的葡萄糖可能会抑制机体的摄食中枢，使饱腹感增强进而可能相应减少进食其他食物，长期较为单一的营养来源有造成其他营养素缺乏的可能，导致机体营养不良；
5、维生素紊乱：维生素包括脂溶性维生素（维生素A、维生素D、维生素E、维生素K）和水溶性维生素（维生素C和维生素B族），功能性饮料中含有一定量的水溶性维生素。虽然水溶性维生素经代谢每天会从尿液中排出，但在机体不缺乏维生素的情况下，如果长期过量饮用可能因过量而出现恶心、呕吐、腹泻等症状。另外，功能性饮料中常缺乏脂乳性维生素，长期饮用且其他饮食不均衡的情况下，也会增加脂溶性维生素缺乏的可能性；
6、电解质紊乱：功能性饮料富含钠、钾、镁等电解质，过多饮用可能会导致机体电解质紊乱，甚至可能导致高钾血症、高钠血症；
7、心脏早搏：功能性饮料富含咖啡因，过多饮用可能会促进交感神经兴奋，使代谢增强，呼吸或心率也会加快，进而导致室性早搏、房性早搏；
8、其他危害：因功能性饮料一般含有多种防腐剂和激素，长期大量饮用可能会影响儿童正常发育，甚至可能引起性早熟。