蒙脱石散和黄连素效果不太一样，蒙脱石散主要用于治疗成人及儿童急、慢性腹泻，而黄连素可以清热燥湿、行气止痛、止痢止泻，两者效果相似，但并不相同。
蒙脱石散为天然蒙脱石微粒粉剂，对消化道内的病毒、病菌及其产生的毒素、气体等具有固定、抑制作用，可以使其失去致病作用。此外，对消化道黏膜还具有覆盖保护能力，可以修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能，具有平衡正常菌群和局部止痛的作用。
而黄连素是中药黄连中分离的一种季铵型生物碱，主要具有行气止痛、清热燥湿、止痢止泻的效果，可以用于肠炎、痢疾等疾病的治疗，改善大肠湿热、里急后重等现象。由此可见，两者虽都可用于消化道疾病的指导，但作用原理不同，因此作用效果也不同。
如果自身存在药物的适应证，建议前往医院的消化内科就诊，完善血常规、粪便常规等检查，明确诊断，然后有针对性地用药。