玻璃杯相对于塑料杯、不锈钢杯等，更有利于人体健康，一般没有毒，通常对人体也没有什么危害。但是要注意选用表面光滑、容易清洗，并且细菌和污垢不易隐藏，且没有添加其他物质的玻璃杯。
玻璃杯主要成分为无机硅酸盐，无机硅酸盐具有高化学稳定性，在烧制的过程中，通常不含有机的化学物质。当用玻璃杯喝水或其他饮品的时候，不必担心化学物质会随水进入体内，用玻璃杯喝水相对来说比较健康。但不建议使用彩色玻璃杯，彩色玻璃杯中的颜料遇热后可能会释放铅等重金属，可能会通过饮水进入人体内，长期使用可能影响人体健康。同时需要注意的是，清洗玻璃杯时要注意清洗杯底、杯壁等易残留污垢的地方，以免细菌滋生，影响健康。
此外，在使用过程中，不宜接过烫的热水，玻璃材质导热性强，可能容易被烫到，如果水温过高，质量不好的玻璃杯甚至有可能引起爆裂，造成伤害。