熬夜后导致的肾疼，在医学上称为肾区疼痛，通常原因较多。可能有非病理性原因，另外也存在病理性原因，例如腰肌劳损、上尿路感染、上尿路结石、肾积水等。
一、非病理性原因：
身体由于过度劳累，有可能会导致肾区的一过性疼痛，多数在休息后可以缓解，无需过于担心，但应改善熬夜的不良作息。
二、病理性原因：
1、腰肌劳损：在熬夜后可能出现腰肌过度劳累，而表现为肾区疼痛，实际为肌肉紧张或痉挛引起，一般通过休息和腰部按摩即可缓解；
2、上尿路感染：长期熬夜可能导致身体的抵抗力下降，病原体容易侵犯肾脏，例如出现急性肾炎，炎症刺激到肾脏被膜的痛觉神经，表现为单侧或双侧肾区疼痛。应该注意卧床休息，多饮水，在医生的指导下选用敏感的抗生素进行治疗，例如青霉素、头孢哌酮；
3、上尿路结石：例如肾和输尿管的结石，都可能表现为肾区疼痛和叩击痛，与长期熬夜导致内分泌紊乱有一定的关联；
4、肾积水：部分熬夜的患者可能长时间憋尿，导致肾盂内的压力轻度升高。如果此情况长期存在，可以导致轻微的肾积水，或者加重原有肾积水的程度，刺激肾包膜的感受器，出现轻微疼痛。多数轻症患者在平时多饮水、多排尿和活动后可以缓解，无需过于担心，如果仍未缓解，则建议及时就诊。
除了上述原因外，如果患者存在肾肿瘤、肾上腺肿瘤等疾病，早期症状并不明显，部分患者可能表现为肾脏部位疼痛，在熬夜后发作，在肿瘤内部出血的情况下可以表现为突发疼痛，一般可以根据肿瘤类型选择手术切除。如果熬夜后出现明显不适，难以自行缓解，建议及时就诊，以免延误疾病的诊治。