甲状腺癌手术通常是采用全麻，即全身麻醉。全身麻醉是指利用药物抑制中枢神经系统，使机体的意识、感觉、反射和肌肉张力暂时性地部分或全部丧失的一种麻醉方法。由于甲状腺癌源于甲状腺上皮细胞的恶性肿瘤，可能会累及较多深处的血管，因此甲状腺癌手术选用全身麻醉的方法更好，可防止麻醉阻滞不全，还能够保持呼吸道通畅及预防并发症，如气管塌陷。
当机体内全身麻醉的药物被代谢或排出体外后，患者的神志和各种反射也会随之恢复。但是术中医生需要注意避免喉返神经、甲状旁腺等部位受到损伤，例如喉返神经受损可造成声音嘶哑，甲状旁腺受损可导致患者术后出现低血钙。术后患者需要定期复查甲状腺功能和彩超，若甲状腺功能减退，还需要在医生的指导下进行治疗，如口服左甲状腺素钠片。