龟头消毒杀菌时，可局部使用碘伏、高锰酸钾溶液等药物，也可局部使用或口服抗生素类药物，都能起到较好的消毒杀菌作用。但这些药物都需要在医生指导下使用，不可自行盲目用药，以免加重、延误病情。
1、碘伏：碘伏作为皮肤可用的消毒药物，具有较好的杀菌效果，可以杀灭细菌、真菌、滴虫等病原体，避免感染发生。当患者患有龟头炎等疾病时，可以使用碘伏来消毒杀菌。此外，碘伏还可以用来处理烫伤以及感染，或者用于各类医疗器械的浸泡消毒；
2、高锰酸钾溶液：使用高锰酸钾溶液对龟头进行清洗，也能起到一定的消毒杀菌的作用。但是高浓度的高锰酸钾溶液，对皮肤刺激较大，因此高锰酸钾溶液的配比要谨遵医嘱；
3、抗生素类药物：如果出现比较严重的包皮龟头炎时，可以局部使用红霉素软膏，红霉素软膏对皮肤刺激性比较小，对皮肤感染常见的致病菌，如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌，有一定的抑制效果。另外，使用红霉素软膏时，会选择加用黄凡士林、轻质液状石蜡等，对包皮可起到一定的滋养效果。此外还可使用莫匹罗星软膏进行抗菌治疗，其抑制、灭杀革兰氏阳性菌、革兰氏阴性 菌等致病菌效果较好，而且副作用比较少见，较为安全。