左归丸、右归丸的药物性状不同、药品成分不同、用药时间不同，重要的是，两者的功效不同、适应证不同等，患者应由专业医生结合病情、个体素质等方面，开具正确剂量、疗程，从而利于病情恢复。
1、药物性状不同：左归丸与右归丸虽都呈黑色，但大小存在差别。同时，左归丸常伴有略微的腥味，口感呈酸而微甜状，而右归丸是甜中带苦。
2、药品成分不同：两种药物内均包含熟地黄、菟丝子、鹿角胶、枸杞子，除了上述中草药外，左归丸内还含有牛膝、龟板胶、山药、山茱萸，而右归丸内还包含附子(炮附片)、肉桂、山药、山茱萸(酒炙)、当归、杜仲(盐炒)。
3、用药时间不同：为帮助左归丸的吸收和利用，多应在饭前30分钟服用，而右归丸饭前或饭后服用均可。
4、功效不同：口服左归丸后一般会达到滋养阴液、补益肾脏的作用，右归丸通常具有温补肾脏阳气、填补稳固精气、避免遗精等功效。
5、适应证不同：左归丸可以改善真阴不足继发的盗汗、口干、腰腿酸软等现象，右归丸可以减轻肾阳亏损诱发的精神不振、阳痿、怕冷等异常反应。
除上述情况外，这两种药物的用药时长、禁忌人群等也有区别。患者不应擅自搭配或联合用药，防止药物发生相互作用，而使得各自药效变差或发生药效叠加，危及个人健康。另外，不建议频繁进行同房，以防过于劳累或损害自身精气。
若在服药数天或数周后，未见病情有改善趋势，或伴有新的严重不适感，应先停止用药，并尽快前往中医科询问专业医生。