长期喝井水对身体可能会有害，比如容易引起腹胀、腹泻、氟中毒、肝肾方面疾病等，但因为井水的性质不一样，具体危害性并不能完全确定。
井水如果没有经过过滤或者加热后直接喝，对于身体会产生一定的危害，因为井水里面含有大量的细菌和致病微生物，如果长期喝可能会引起肠胃不适，出现腹胀和腹泻等症状。并且由于不同地质因素，不同地方井水矿物质的含量不同，长期喝矿物质含量超标的井水，容易导致毒性作用。长期喝井水可能导致氟积累，从而导致氟中毒，从而出现一系列中毒症状，如氟斑牙、氟骨症等。而且井水里面的一些微毒性物质摄入到体内后都需要通过肝肾来代谢，如果长期喝井水，可导致一些有毒物质存留在肝肾部位，会导致肝细胞功能和肾小球滤过作用出现异常，长期会引起肝肾功能下降以及肝肾的其他不良病症，因此不建议长期喝未经处理的井水。