从营养学的角度来看，适量吃酸菜鱼有诸多好处，包括提供全面营养、促进消化和增进食欲，但若不正确吃酸菜鱼时，也可能会存在潜在坏处，包括血压升高、刺激胃肠道等，影响到身体健康。
酸菜鱼中的鱼肉富含优质蛋白质，是人体必需的营养素之一，有助于维持生命活动和构建身体组织。鱼肉中的脂肪含量适中，且多为不饱和脂肪酸，尤其是Omega-3系列脂肪酸，对降低心脑血管疾病的风险具有积极作用。
酸菜在腌制过程中保留了蔬菜中的部分营养成分，如维生素C、膳食纤维等，有助于增强免疫力和促进消化。酸菜鱼味道酸辣，可以刺激人体消化液分泌，增强胃的消化能力，加快体内食物的消化和吸收。
酸菜中的乳酸菌有助于改善肠道菌群平衡，促进消化，缓解便秘等肠胃问题。酸菜鱼的酸辣口感还可以刺激味蕾，增进食欲，适合胃口不佳或消化不良的人群食用。鱼肉中的不饱和脂肪酸有助于降低血液中的胆固醇水平，降低心脑血管疾病的风险。鱼肉中的维生素D和钙质有助于促进骨骼健康，预防骨质疏松等疾病。
但酸菜鱼中的酸菜属于腌制食物，含有大量盐分和亚硝酸盐。过多摄入盐分容易使人血压升高，影响血 管弹性，而亚硝酸盐则具有一定的致癌作用。酸菜鱼口味较为辛辣，可能刺激胃肠道，导致腹痛、腹泻等不适。特别是胃肠不好的人群，更应谨慎食用。
对于部分过敏体质的人群来说，吃酸菜鱼可能会诱发过敏反应，如皮肤瘙痒、红斑等。对于特殊人群如孕妇、哺乳期妇女、过敏体质者等，更应谨慎选择食材和烹饪方式。