中医称生殖器疱疹为生殖器热疮，中医辨证多为湿热下注型，以湿、热、毒、虚为核心病机，治宜清肝利湿祛邪。生殖器热疮可以在中医医生辨证下进行药物治疗，内服中成药物有清热化毒丸，龙胆泻肝丸、知柏地黄丸等，外用的中成药有苦参疱疹酊，复方紫草油、复方黄柏液涂剂等。
一、内服药物：
1、清热化毒丸：清热化毒丸中的成分有桔梗，茯苓，龙胆、黄芩、黄连，大黄、连翘等成分，具有消肿止痛，清火化毒的功效，可用于调理皮肤疖疮，对生殖器热疮有一定疗效；
2、龙胆泻肝丸：龙胆泻肝丸的组成部分有木通、黄芩，栀子，龙胆等，主要作用为清利肝胆湿热、清泻肝胆实火，针对湿热造成的生殖器热疮，可起到一定改善作用；
3、知柏地黄丸：知柏地黄丸中含有知母、黄柏、茱萸、泽泻等药物，具有治疗阴虚火旺、缓解肾虚的功效，对于生殖器热疮导致小便淋漓涩痛具有一定的改善作用。
二、外用药物：
1、苦参疱疹酊：苦参疱疹汀由灯盏细辛、蜂胶，牡丹皮，苦参等药物组成，具有凉血止痛，清热解毒的功效，可以清除体内热毒邪气，适用于肝胆湿热造成的生殖器热疮；
2、复方紫草油：复方紫草油由紫草、白芷、冰片等中药成分组成，具有清热止痛、凉血解毒的功效，可外用缓解生殖器热疮；
3、复方黄柏液涂剂：复方黄柏液涂由蒲公英，金银花，黄柏、连翘等成分组成，具有消肿去腐，清热解毒的功效，对于改善生殖器热疮有一定帮助。
生殖器疱疹的患者除了在中医辨证下进行药物治疗外，还可在到皮肤科就诊，通过病毒培养、抗原检测、血清学检测等西医检查方法进行诊断。日常生活中也要注意卫生，特别是要注重应该保持生殖器局部的清洁和干燥，防止继发感染。