红茶菌不宜长期喝，适量饮用可以发挥其潜在的健康益处，但长期大量饮用可能会对身体产生不良影响。在饮用红茶菌时，需要关注自己的身体反应，并根据自身健康状况进行适量调整。
红茶菌作为一种发酵型酸性茶饮料，其内含醋酸菌、乳酸菌和酵母菌等多种微生物，通过共同发酵产生一系列对人体有益的营养物质，如多糖、茶多酚、氨基酸以及维生素等。上述成分在一定程度上能够补充人体所需的营养物质，促进消化，提高免疫系统的功能，并对部分慢性炎症疾病可能起到缓解作用。
尽管红茶菌具有诸多潜在的健康益处，但并不意味着可以长期无限制地饮用。红茶菌中含有一定量的咖啡因，长期饮用可能会刺激大脑皮质层，导致饮用者一直处于兴奋状态，从而影响睡眠质量，严重时甚至可能导致睡眠障碍，咖啡因的长期摄入还可能对肝肾造成一定的负担，影响肝肾功能。
红茶菌中的醋酸、乳酸等酸性成分，虽然能够促进肠道的蠕动，帮助改善肠道菌群平衡，但长期大量饮用可能会对胃肠道黏膜产生一定的刺激性，导致胃肠道黏膜损伤，进而引发腹泻、腹胀等不适症状。特别是对于本身存在胃肠道疾病的人群来说，过量饮用红茶菌可能会加重病情。
每个人的体质和健康状况都是不同的，对红茶菌的反应也会存在差异，部分人群可能对红茶菌中的成分存在过敏反应，如皮肤瘙痒、红肿等。在初次尝试红茶菌时，需要谨慎观察身体的反应，一旦出现不适症状应立即停止饮用。