益生菌牙膏的基本使用方法同普通牙膏一样，主要用处在于清洁牙齿，主要是通过机械式地摩擦牙齿来清理牙齿表面。但是长期使用益生菌牙膏可能会导致感染、产生耐药性等坏处。
益生菌牙膏中的益生菌一般可以辅助调节口腔菌群等，但需要注意益生菌牙膏作为牙膏并不能治疗疾病。益生菌牙膏中添加了益生菌成分，在部分特殊情况下，食用益生菌后可能会对身体产生一定的危害。益生菌是一种条件性致病菌，患有肠道黏膜水肿或营养不良等疾病时，细菌可能会突破细胞之间的屏障进入血液中，可能在途中对体内其他器官造成感染。益生菌本身可能会排除毒性因子，在血液中循环的时候可能会对人体造成影响，影响新陈代谢。另外，益生菌本身可能会产生耐药性，在体内循环时可能将自身的耐药性水平转移给人体，从而可能会导致人体对抗生素等药物产生耐药性。
合理地使用益生菌牙膏能有效调节口腔中的菌体环境，同时益生菌也能够调节肠道中的菌群，也能带来人体所需的营养元素、调节人体免疫力等。因此，在使用益生菌牙膏时，应当根据自身情况酌情使用。