核黄素的安全性较好，毒性非常低，一般较少出现副作用，遵循医生建议使用时通常不会对机体造成损伤。但若盲目高剂量摄入，可能会引发不同程度不适，需及时采取干预措施。
核黄素属于B族维生素，可溶于水，机体缺乏核黄素时可能出现口角炎、唇炎等，机体可在日常正常饮食中获取核黄素，身体大多能够有效代谢和利用。平常严格遵循膳食指南的推荐摄入量摄入，不会对身体造成不良影响。即使略微超过，体内多与的核黄素也会随尿液排出，再加上核黄素的毒性非常低，也很少会造成身体不适。
若短时间内大量摄入核黄素，可能会出现皮肤瘙痒、尿液发黄等，且会持续数周。但核黄素的毒性小，在停止高剂量摄入后，上述不适症状就会随之慢慢消失。若长期摄入高剂量的核黄素，会增加胃肠道的负担，可出现恶心、呕吐、腹痛等不适，还会干扰其他营养素的吸收和代谢，此时需在医生指导及时停用。
核黄素进入人体后通过肝脏、肾脏代谢，如果长期、大量服用，可能会加重肝肾负担，容易诱发或加重肝肾损伤。本身存在肝肾功能异常的患者，注意不要自行添加核黄素，以免加重病情。
另外，有部分人属于过敏体质 或对核黄素过敏，使用后可能会引起过敏反应，出现皮肤瘙痒、起皮疹以及呼吸困难等不适症状。这类人群需要立即停止服用核黄素制剂，并遵医嘱使用抗组胺药，如盐酸西替利嗪片、氯雷他定胶囊等。