从西医的角度来看，柠檬籽发芽后虽然不一定产生有毒物质，但考虑到可能带来的潜在风险和营养变化，建议避免食用发芽的柠檬籽及其所在的果肉。在食用柠檬时，应选择新鲜、未发芽的柠檬，并确保适量食用。
柠檬籽发芽是植物生长的自然现象，此过程中柠檬籽内部会发生一系列的生化反应，可能导致柠檬籽释放出某些酶类或植物碱。虽然上述物质在一般情况下不会对人体产生明显的毒性，但有可能对消化系统产生一定影响，如引起轻微不适或消化障碍。响
柠檬籽发芽后，内部化学物质可能发生变化，可能对人体产生未知的影响。虽然目前没有确凿的证据表明柠檬籽发芽后会产生有毒物质，但出于谨慎考虑，建议避免食用发芽的柠檬籽。
柠檬籽发芽后，本身的营养价值可能发生变化。同时由于芽苗生长所需的营养成分主要从果肉中获得，柠檬果肉的营养成分，如水分、糖分等可能会相对下降。从营养价值的角度来看，发芽的柠檬籽及其所在的果肉可能不如未发芽时丰富。
如果柠檬籽已经发芽，建议在食用前将其去除，避免潜在的风险。如果柠檬籽发芽且果肉出现发黑、有黑点或黑斑等异常现象，可能是柠檬已经变质的 迹象。在此种情况下，建议整个柠檬都不要食用，避免食物中毒或其他健康风险。
对于未发芽的柠檬籽，虽然本身含有一定的膳食纤维和维生素C等营养成分，但食用时也需适量，因为过量食用可能导致消化不适或其他健康问题。