异麦芽糖醇一般对人体没有危害，但胃肠道功能较差的人群过量食用后，可能会出现恶心、呕吐等不良反应。异麦芽糖醇属于用蔗糖加工而成的一种糖醇，热量较低，不能被肠道吸收。
异麦芽糖醇属于一种膳食纤维，含糖量较低，通常不会影响血糖，因此一般对人体没有危害。异麦芽糖醇经常用于糖尿病患者饮食中，例如做成糖尿病患者可食用的食物。但如果胃肠道功能较差的人群，例如老年人、儿童等，过量食用含异麦芽糖醇制作的食物，可能会危害胃肠道功能，刺激胃肠道黏膜，使胃肠道蠕动加剧，导致食物与胃肠道黏膜相摩擦，甚至使胃肠道黏膜受损，出现上腹部不适、恶心、呕吐等一系列急性胃肠炎症状，此时可能造成一定危害。
此外，摄入异麦芽糖醇后，通常不会引起牙齿发生龋坏，可作为糖的替代品，但如果为糖尿病患者，仍不可大量食用。