阴茎根部有小疙瘩，不痛不痒，可能是阴茎海绵体硬结症、也可能是阴茎根部的毛囊炎、扁平疣、尖锐湿疣。患者需及时去医院就诊，明确病因后在医生指导下进行治疗。
1、阴茎海绵体硬结症：可能与阴茎损伤、慢性炎症等因素有关，逐渐在阴茎背部形成硬结，可导致阴茎根部有小疙瘩不痛不痒，病情急性期可导致阴茎勃起疼痛等症状；
2、毛囊炎：阴囊和阴茎根部有大量的毛囊，如果不注意会阴部，可能就会导致毛囊炎。在阴茎根部或者是阴囊皮肤上会出现小疙瘩，病变初期可出现阴茎根部有小疙瘩不痛不痒；
3、扁平疣：扁平疣是一种病毒感染性疾病，往往位于阴茎或者是阴囊的皮肤上，扁平无刺，也可导致阴茎根部有小疙瘩不痛不痒；
4、尖锐湿疣：是一种长在皮肤黏膜或者外生殖器的一种赘生物，是由于人乳头状病毒感染引起，主要通过性传播感染。多发生于龟头冠状沟和包皮口，也可发生于阴茎根部，导致阴茎根部有小疙瘩不痛不痒。可在医生指导下进行药物治疗，也可选择激光、液氮冷冻，或者是手术切除，切除后进行病理检查。