脑干血栓的危险期为发病后2周之内，2周后开始进入恢复期。但也需要根据患者栓塞的面积来具体判断，危险期时间也可能会相对有上下浮动。若梗死面积较大、病情严重，则危险期会延长。
在危险期内容易引发脑水肿，脑干延髓为人体呼吸心跳中枢，若病变累计人体呼吸心跳中枢可出现呼吸心跳骤停，可能会有患者死亡的风险。建议患者在发现病情时及时送往医院进行阿替普酶、尿激酶静脉溶栓治疗，在发病4.5小时内对于急性脑梗死使用阿替普酶、发病6小时内使用尿激酶溶栓治疗相对安全、有效，或者对患者进行血管内介入治疗，包括桥接治疗、动脉溶栓、机械取栓、支架术等方式。
通常可以为患者制定短期和长期的康复治疗计划，分阶段、因地制宜的选择治疗方法。另外在发病后24小时之内不要进行大量运动，在病情稳定后可以尽早进行走、坐、站的活动训练，同时应注意语言、心理等多方面的康复训练。多关注患者心理健康，帮助患者尽早走出疾病的阴霾。