颅骨凹陷性骨折具有多个手术指征，以凹陷深度超过1cm者、出现神经功能障碍者较为常见。同时，存在脑部继发性损伤者、颅内压增高者、影响美观者，可以在神经外科医生指导下进行手术治疗。
1、凹陷深度超过1cm者：因脑组织与颅骨间隔较近，凹陷超过1cm多提示骨折碎片已经接近或损伤脑组织，故而此时多需采取手术治疗。
2、出现神经功能障碍者：在大脑皮层具有多个功能性区域，而骨折引起相应的功能区障碍，常表现为失语、视野缺损、肢体瘫痪、局灶性癫痫等情况。此时，单纯保守治疗通常难以修复。
3、存在脑部继发性损伤者：部分患者由于颅骨凹陷性骨折碎片较为尖锐，可能刺破硬脑膜，甚至有可能并发脑挫裂伤、颅内血肿。而脑挫裂伤及颅内血肿无法自行修复或去除，一般需要进行手术治疗。
4、颅内压增高者：某些颅骨凹陷性骨折的部位处于大静脉窦表面，容易造成血液回流受阻，可有颅内压增高的情况。单纯使用甘露醇注射液、呋塞米注射液多不能彻底根治，通常需要通过手术解除血管阻塞。
5、影响美观者：若颅骨凹陷性骨折位于前额，可能影响患者的美观，为改善美观情况，多应采取手术治疗修复正常外观。
除上述情况外，颅骨开放性粉碎性骨折者也需及时采取手术治疗，以免耽误治疗时机。另外，在采取手术治疗后，应积极配合医生进行肢体的功能训练，可以有效改善功能障碍。