口腔菌群失调可能会自愈，也可能不会自愈，不能一概而论。建议口腔菌群失调的患者及时就诊，完善相关检查，在医生指导下给予相应的处理，避免病情进一步进展。
1、会自愈：如果是健康人群发生轻度口腔菌群失调，并且患者机体免疫力也比较好。一般情况下，可以通过改变饮食结构，或者是在医生指导下选择合适的牙膏，大部分患者可以达到自愈的效果；
2、不会自愈：对于比较严重的口腔菌群失调，或者患者本身体质及抗病能力较差，自行恢复效果一般不会很理想。这种情况下，一定要及时到正规医院的口腔科就诊，做口腔细菌、真菌方面的检查和培养，遵医嘱针对性地使用药物进行调整和治疗。同时，建议多做户外运动，改善身体状况，调节口腔菌群失调的基本条件，配合药物共同使口腔的菌群恢复到正常状态。