一般来说，25-羟基维生素D2和25-羟基维生素D3没有太大的区别，它们有着相同的作用，都适用于治疗慢性的低钙血症、低磷血症、佝偻病等疾病，以及局限性肠炎、长期腹泻等疾病。它们的主要区别是来源不同，25-羟基维生素D2是由植物中的麦角固醇产生，25-羟基维生素D3是由人体表皮和真皮内，含有的7-脱氢胆固醇转化而来。
若患者因肝胆疾病或小肠疾病，导致长期腹泻或者长期摄入不足，而引起体内的低钙血症和低磷血症，可通过补充25-羟基维生素D2或25-羟基维生素D3进行治疗。25-羟基维生素D2或25-羟基维生素D3有着相同的作用，主要是帮助人体更好地吸收钙和磷。但25-羟基维生素D2是由紫外线照射植物中的麦角固醇产生，自然界存量较少，而25-羟基维生素D3是由人体表皮和真皮内含有的7-脱氢胆固醇，经过日光中的紫外线照射转化而来。
25-羟基维生素D2和25-羟基维生素D3被人体吸收，然后在肝肾细胞中经过两次转化活化之后，生成1，25-二羟维生素D3后，才能促进小肠吸收钙或磷，所以两者的主要区别是来源不同。