静息代谢和基础代谢通常区别在于测定方法不同，以及作用不同。在新生儿时期由于无法忍受长时间的饥饿，通常用基础代谢代替静息代谢。
1、测定方法不同：基础代谢需要在至少禁食18小时后进行测定，此时能量消耗仅用于维持体温、呼吸、心脏搏动、血液循环，以及其他组织器官和细胞的基本生理功能的需要，而静息代谢则需要在中性温度环境下，并且是进食后1-2小时，并在安静时进行测定，为最低的代谢率；
2、作用不同：基础代谢是指用于维持机体最基本的生命活动所需要的能量消耗，人体总能量消耗的60%-70%，是指无任何身体活动和紧张的思维活动，全身肌肉放松时的能量消耗，主要与机体的构成内分泌和遗传等因素有关。而静息代谢是指在静息状态下，用于维持活动的能量消化，包括急危重症时的能量消耗，此时静息代谢比基础代谢高，且静息能量代谢测量是确定人体能量消耗的金标准。