甲硝唑凝胶主要用于炎症性丘疹、脓疱疮、酒渣鼻红斑的局部治疗，对于治疗炎症性痘痘有比较好的治疗效果，但对于其他原因引起的痘痘可能治疗效果有限，如雄性激素分泌旺盛或毛周角质化引起的痘痘。
痘痘是指发生在皮脂腺丰富区域的炎症性慢性皮肤病，多发生于青年人或中年人，与内分泌调节有关。患者皮脂腺功能旺盛，从而分泌过多油脂，适合毛囊皮脂腺内的痤疮丙酸杆菌和卵圆形糠秕孢子菌繁殖，这两种菌感染会导致患者出现炎症性痘痘，而甲硝唑凝胶的主要成分是甲硝唑，甲硝唑抗原虫和厌氧菌的功效比较强，能够有效杀灭痤疮丙酸杆菌。因此甲硝唑凝胶主要适用于炎症性痘痘，如脓包型痘痘、炎症性囊肿型痘痘、炎症性结节型痘痘等。
除此之外，对于雄性激素分泌旺盛导致的痘痘，甲硝唑凝胶的治疗效果有限，不仅治标不治本，痘痘容易复发，而且时间久了可能会使致病菌产生耐药性。这种情况，建议减少高糖和高脂饮食，调整情绪，避免熬夜，饮食清淡，一般痘痘能够自行缓解。对于毛周角质化引起的痘痘，还可配合使用异维A酸软化角质。
若患者脸部出现痘痘，除了甲硝唑凝胶外，还可以遵医嘱选用克林霉素磷酸酯凝胶、夫 西地酸乳膏等药物，同时配合使用促毛囊皮脂腺修复的药物，如阿达帕林凝胶。日常生活中，患者使用化妆品后要当天清理干净，避免毛囊孔堵塞，也要避免辛辣刺激性饮食，以及熬夜，以免使痘痘加重。