玉米上长的黑霉菌能吃。玉米上的黑霉菌多为黑粉菌，是在玉米生长过程中比较常见的一种菌类感染，对于玉米生长会造成比较严重的影响，严重时可能会因为感染黑粉菌导致玉米绝产。但如果玉米上长出的黑霉菌不是黑粉菌，则不能吃。
黑粉菌味道鲜美，炒制以后味道独特，甚至许多地方会出现以黑粉菌为主的菜肴。黑粉菌主要是吸取玉米的营养物质，和其他菌类的生长过程基本一致，可以发生在玉米生长的阶段，并且在玉米抽穗开花期较为明显，而在玉米成熟以后停止侵犯。
但需要注意，已经收获的玉米如果由于潮湿或其他的原因导致病菌侵入，出现类似黑颜色的细菌，这种情况并不是黑粉菌，并不建议食用，以免引起食物中毒等，出现比较严重的呕吐、腹泻，对身体健康造成影响。
所以对于玉米上长的黑霉菌，需要有足够的鉴别能力，在排除细菌等情况之后，才可以放心食用。如果难以鉴别，则不建议食用。