金针菇底部发霉后通常不能吃，误食后可能会导致自身健康受影响。金针菇属于一种菌类食物，其中含有的营养物质比较丰富，包括矿物质成分、氨基酸，以及多糖、蛋白质、碳水化合物等，吃了以后能够起到补充营养的作用。
如果金针菇底部发霉，表明存放时间较长，已经出现黄曲霉菌生长的情况，从而导致底部发霉。黄曲霉菌虽然生长在底部，但金针菇内部也可能已经出现黄曲霉毒素，并且其中的营养物质已被分解，味道也可能发生改变，所以不建议再吃。如果吃了底部发霉的金针菇，就可能会导致黄曲霉毒素进入人体，引起食物中毒，可出现恶心、呕吐以及腹泻、头晕等症状。中毒严重时还可能会引起昏迷或休克，需要急诊治疗。
日常应避免将金针菇长时间存放，尽量吃新鲜的金针菇，口感较好且有助于营养物质的补充。一般可以通过凉调或炒制的方式吃，也可通过涮锅的方式吃，可根据自身需求选择烹调方式。