磷脂亚麻酸软胶囊的副作用一般包括引起胃部不适、加重肝肾代谢负担、继发过敏反应等，符合适应证的人群，应根据医生建议合理服用此保健品。
1、引起胃部不适：该保健品内包含大豆磷脂、α-亚麻酸油(紫苏籽油)等物质，可以辅助改善记忆，想要改善记忆者可以遵医嘱服用磷脂亚麻酸软胶囊。如果进食过量，一般会导致消化负担变大，继发恶心、胃胀、腹泻等不良症状。
2、加重肝肾代谢负担：此物质会通过肝肾代谢，如果长时间大剂量服用上述保健品，还可能会导致肝肾代谢负担变大，进而会引起皮肤发黄、食欲差等不适反应。
3、继发过敏反应：如果自身对其中所含的成分过敏，口服此类物质后一般会继发皮肤斑疹、红斑、丘疹、皮肤瘙痒、喘息等过敏反应。
除上述情况外，还可能会出现危害婴幼儿健康、继发流产等副作用。建议将该保健品放在阴凉、干燥的地方储存，无法代替药物，不能治疗疾病，如果自身存在记忆力过差问题，可以前往医院普通内科就诊，进行脑电图、头部CT等检查，明确诊断，积极处理。