柠檬籽发芽了还是能吃的，柠檬籽实际上是柠檬的种子，发芽后并不会产生毒害物质，但柠檬中的柠檬籽发芽，芽苗生长所需的营养成分主要从果肉中获得，因此此时的柠檬果肉的营养成分，比如水分、糖分等相对会有所下降。在整个柠檬没有变质的情况下，建议及时吃完，以避免食用价值进一步降低。
一般柠檬的营养成分主要在果肉之中，含有丰富的维生素、矿物质、膳食纤维、碳水化合物等营养成分，还有奎宁酸、柠檬酸、苹果酸、橙皮苷、柚皮苷、香豆精等，可用来泡水喝或加入菜品中，起到促消化、去食物腥味、增香提色、增加食欲等作用。
所以相对来说，柠檬籽的食用价值并不大，若过于担心，也可以将发芽的柠檬籽去除，直接吃果肉。但柠檬籽发芽也提示柠檬放置的时间比较长，如果柠檬果肉还出现了发黑、有黑点、黑斑等异常现象，高度怀疑柠檬已经变质，建议发芽的柠檬籽、柠檬果肉等都不要再吃，以免引发身体不适。