虽然苹果山楂水在任何时候喝都能被人体吸收，但通常建议苹果山楂水在饭后喝会比较好。在饭后喝苹果山楂水，能促进食物消化，对身体健康有利。不过需要注意，苹果山楂水只是一种食物，并无治疗疾病的效果，当存在消化不良等症状时，建议在医生指导下使用药物治疗。
苹果山楂水的主要成分是苹果和山楂，其中含有较丰富的膳食纤维，可以刺激胃肠道蠕动。除此之外，山楂中还含有较多的植物酸，可以刺激人体的消化腺分泌唾液、胃酸等消化液，也有助于消化。因此该饮料通常适合在饭后喝，能帮助胃内容物快速消化，而若是在饭前空腹的时候喝，可能会刺激胃酸分泌过多，从而引起腹痛的症状。因此也需要注意，对于患有胃溃疡、急性胃炎等胃肠道疾病的人群，通常不建议喝苹果山楂水，以免刺激胃酸大量分泌后加重疾病，引起腹痛、腹胀等不适症状。
而对于普通人群，苹果山楂水也不可以过量喝，过量喝也会容易出现上述不适症状。同时由于苹果山楂水中含有较多糖分，因此糖尿病患者需要少喝或不喝，以免影响血糖水平。