Auer小体常见于急性非淋巴细胞白血病，其是急性非淋巴细胞白血病一个具有诊断意义的形态学特征。患有急性非淋巴细胞白血病后，白血病细胞大量增殖，并分化停滞在原始或幼稚细胞阶段，使染色质中出现大量核分裂现象，分裂后的染色质可以聚集成小棒状，即Auer小体。
急性白血病可分为急性淋巴细胞白血病及急性非淋巴细胞白血病两型。急性非淋巴细胞白血病有八种亚型，Auer小体较常见于M1和M3亚型，即急性粒细胞白血病、急性早幼粒细胞白血病中。此外，在M4亚型急性单核细胞性白血病和M5亚型急性粒-单核细胞白血病细胞质中，有时亦可见到Auer小体。
急性非淋巴细胞白血病患者需要使用柔红霉素、阿糖胞苷等药物进行化疗治疗，如果化疗有效，Auer小体会逐渐减少。因此，Auer小体对急性非淋巴细胞白血病的检出、分布情况及与疗效的关系都有诊断性的临床意义。