小脚趾根部疼痛的原因常见的有过度劳累、外伤、腱鞘炎、关节炎、痛风、肿瘤，建议明确诊断后根据不同病情选择相应的治疗方法进行治疗。
1、过度劳累：若走路太多导致过度劳累，可能会引起脚趾根部疼痛，主要是由于与地面摩擦时间过长引起，一般通过休息可以缓解；
2、外伤：比如摔伤、扭伤可以引起小脚趾骨骼或者软组织损伤，产生小脚趾根部出现疼痛。治疗上可以通过局部休息或冷热敷缓解，骨折移位需要考虑手术复位内固定治疗；
3、腱鞘炎：一般是由于慢性劳损反复摩擦腱鞘，产生无菌性炎症，在炎症刺激下会引起局部水肿，受到腱鞘压迫后就会加重疼痛，导致小脚趾根部也出现疼痛，一般可以遵医嘱使用塞来昔布胶囊进行止痛；
4、关节炎：包括类风湿关节炎、骨关节炎、痛风性关节炎等，由于炎症刺激导致关节内部滑膜充血、水肿，引起关节囊受到压迫就会出现小脚趾的根部出现疼痛的症状，一般可以遵医嘱使用塞来昔布胶囊、依托考昔片治疗；
5、痛风：因高尿酸血症导致关节出现疼痛，可能累及小脚趾根部，出现小脚趾根部出现疼痛，如确诊痛风可服用非布司他片治疗；
6、肿瘤：脚趾部位的肿瘤会破坏骨骼，引起骨破坏，会产生疼痛，一般治疗上需要手术切除肿瘤治疗，如果是病理提示恶性，需要进一步放化疗。
小脚趾根部疼痛的症状若长期未缓解，建议及时就诊于手足外科，通过完善X线检查、磁共振成像检查、关节镜检查明确诊断，然后再进行相应治疗。