榴莲根部的头烂了，一般情况下不建议食用。在食用榴莲时，应选择新鲜、完好的果实，避免食用腐烂或变质的榴莲。
榴莲在存放时间较长或存放环境温度较高的情况下，根部容易发生变质，表现为腐烂。腐烂的榴莲根部可能滋生大量的细菌和微生物，微生物在繁殖过程中会产生有害物质，如细菌毒素等。有害物质可能渗入榴莲的果肉之中，导致果肉也发生变质。即使榴莲的其他部分看起来完好，也可能已经受到微生物的污染。
食用腐烂的榴莲会对人体健康造成不良影响。腐烂榴莲中的细菌和微生物进入人体后，可能破坏肠道微生态平衡，引发消化系统疾病，如腹泻、呕吐等。榴莲腐烂后还可能产生具有毒性和致癌性的物质，如黄曲霉毒素等，对人体健康的危害更为严重，长期摄入可能增加患癌风险。
榴莲本身含有较高的糖分和热量，过量食用也可能对健康造成不利影响。肥胖人士应控制榴莲的摄入量，以免因热量过剩而导致体重增加，与食用腐烂榴莲的危害相比显得相对较轻。
榴莲的腐烂还可能与其生产过程中受到的病原菌感染有关，如榴莲根茎腐烂病，病害能侵染榴莲的根、茎、叶、花以及果实等各个部位，导致 果实表面出现褐色斑点、果皮变软等症状，不仅影响榴莲的品质，还可能产生更多的有害物质。