低聚果糖不可以长期吃，需控制摄入量。低聚果糖是一种益生元，也是水溶性膳食纤维，适量食用可缓解便秘、调节肠道菌群，对于消化不良造成的大便干燥有一定的缓解作用。适量服用低聚果糖还可一定程度上降低血清胆固醇、改善脂质代谢，有利于肠道益生菌的繁殖。
但如长期、过量吃低聚果糖，易导致身体的营养吸收不全面，对于胃肠道较弱者，也不建议长期吃太多，易对胃肠道造成负担，可能会出现腹胀、腹痛等消化不良症状，影响胃肠道健康。
注意对于低血糖、低胆固醇的患者不建议吃低聚果糖，以免加重本身症状，日常生活中可多吃富含膳食纤维的食物，如玉米、红薯，也可多吃新鲜的水果和蔬菜，能够促进胃肠道的蠕动，同时补充营养。